国际检察局起草的起诉书共分三大类五十五项诉因。其中第一类“反和平罪”共计三十六项(诉因一至三十六),系指控全体或部分被告参加、制定以及执行一个共同计划或阴谋,以发动侵略战争以及违反国际法、条约、协定和保证之战争;第二类“杀人罪”共计十六项(诉因三十七至五十二),系指对全体被告共同谋议进行屠杀和对部分被告在攻占某些城市时命令、指使及纵容大规模地屠杀当地平民和已解除武装的军人的指控;第三类“其它违反战争罪和反人道罪”系对部分被告共同计划或阴谋违反战争法规之控诉,以及对他们通过积极行为(命令、授权或准许)或消极行为(藐视法律则不加制止)致使其部下得意肆意从事违反战争法规之行为的指控。起诉书划分的三大类诉因与远东国际军事法庭宪章规定的三类罪行(反和平罪、反人道罪、普通战争罪)并不完全一致,而是突出了普通战争罪中的杀人罪将之单列为一大类。而起诉书的第三类诉因仅仅对普通战争罪关于杀人罪以外的罪行进行指控,故单纯对被告进行反人道罪进行的指控在东京审判起诉书中并不存在。起诉书这些特点被法庭认为缺少逻辑和平衡,最终在法庭的判决书中这些诉因被削减为十项。