东京审判的实际审讯程序基本按照《远东国际军事法庭宪章》第十五条的规定步骤进行,分为:(一)检察方面宣读起诉书;(二)法庭询问每一被告是否承认有罪;(三)首席检察官作开场陈述;(四)检方向法庭提交人证和物证;(五)辩方向法庭提交人证和物证;(六)检方对辩方证据进行反驳,可针对辩方证据提出己方新的证据作为驳证;(七)辩方对检方证据进行反驳,可针对检方证据提出己方新的证据作为驳证;(八)检方作总结发言;(九)辩方做总结发言;(十)首席检察官作最终陈词;(十一)法庭作出判决并宣读判决书。由于东京审判不论从法庭宪章还是法庭组成人员都带有明显的英美法系特征,其证据法则极为繁复。在耗时两年半的审判过程中,检辩双方向法庭提交证据的两个阶段占去了一半以上的时间。